Dans ce comparatif 2025 des meilleurs logiciels de comptabilité, nous passons en revue les solutions les plus populaires, avec un focus sur leurs fonctionnalités, leurs points forts et les profils auxquels elles s’adressent. Notre objectif : vous aider à faire un choix éclairé, selon vos besoins réels, votre budget et votre niveau d’autonomie comptable.
Qu'est-ce qu'un logiciel de comptabilité ?
Un logiciel de comptabilité est un outil numérique conçu pour automatiser, centraliser et sécuriser la gestion comptable d’une entreprise. Il permet notamment de :
saisir les opérations comptables courantes (achats, ventes, paiements),
éditer des factures et devis,
gérer la TVA, la trésorerie, les rapprochements bancaires,
générer des documents légaux (bilans, journaux, comptes de résultat).
Autrefois réservé aux experts-comptables, le logiciel de comptabilité s’est largement démocratisé avec l’apparition des solutions en ligne (SaaS). Aujourd’hui, même un auto-entrepreneur peut gérer sa comptabilité en toute autonomie grâce au bon logiciel de comptabilité.
Les critères de comparaison à analyser
Pour bien choisir son logiciel de comptabilité, plusieurs critères doivent être évalués. Voici les principaux :
1. Les fonctionnalités proposées
Un bon logiciel doit couvrir les besoins essentiels :
saisie comptable automatisée,
facturation, devis,
gestion de trésorerie,
déclarations fiscales (TVA, liasse fiscale),
édition de bilans…
2. L’automatisation des tâches
L'automatisation de certaines tâches dans votre logiciel de comptabilité permet de gagner un temps précieux : synchronisation bancaire, saisie intelligente des factures, relances automatiques, etc.
3. Conformité légale
Le logiciel de comptabilité choisi doit :
respecter les normes comptables françaises,
être compatible avec la loi anti-fraude à la TVA,
et garantir la confidentialité des données (RGPD).
4. Accessibilité et interface
Une interface intuitive, disponible en ligne, accessible depuis n’importe quel appareil (ordinateur, smartphone…), est un réel atout pour les TPE, PME et indépendants souhaitant gérer leur comptabilité de manière pratique et efficace.
5. Collaboration avec l’expert-comptable
Un bon logiciel de comptabilité facilite la communication avec l’expert-comptable. Vous devez pouvoir aisément exporter des documents, bénéficier d’un espace partagé avec un accès sécurisé pour votre expert-comptable…
6. Prix
Les tarifs varient d’un logiciel de comptabilité à l’autre. Certains proposent une version gratuite avec des fonctionnalités de base. D’autres proposent des abonnements mensuels ou annuels avec davantage d’options et de services. Certains éditeurs proposent des essais gratuits ou une formule sans engagement.
7. Support client
Un support réactif (chat, téléphone, mail) est crucial, notamment pour les non-initiés à la comptabilité.
Comparatif des meilleurs logiciels de comptabilité en 2025
Tous les logiciels ici présentés respectent les normes comptables françaises, sont compatibles avec la loi anti-fraude à la TVA et garantissent la confidentialité des données (RGPD).
Pennylane : le logiciel de comptabilité tout-en-un
Pennylane est une solution SaaS française conçue pour simplifier la gestion comptable, financière et administrative des entreprises. Pennylane s’impose comme une référence en 2025 parmi les meilleurs logiciels de comptabilité. Pensé comme un logiciel de comptabilité collaboratif, il facilite les collaborations entre l’entreprise et l’expert-comptable.
Fonctionnalités, avantages et inconvénients
Pennylane est une solution complète et évolutive. En voici les fonctionnalités principales :
la gestion comptable automatisée (devis, factures, TVA, bilans, etc.),
la facturation et le suivi de trésorerie en temps réel,
l’automatisation des écritures comptables
une collaboration en temps réel avec l’expert-comptable…
Pennylane est l’un des seuls logiciels de comptabilité à proposer une solution centralisée tout-en-un (comptabilité + facturation + trésorerie).
Avantages | Inconvénients |
Logiciel SaaS accessible partout Interface intuitive, fluide et moderne Outil 3-en-1 : comptabilité + facturation + trésorerie Automatisation avancée (reconnaissance des factures, synchronisation bancaire…) Suivi de trésorerie en temps réel Accès en temps réel pour l’expert-comptable Sans engagement, 100 % en ligne | Fonctionnalités avancées réservées aux options avec forfait Solution moins pertinente pour les très grandes entreprises avec ERP dédié |
Pour qui ?
100 % en ligne, sans engagement, Pennylane convient parfaitement aux TPE, PME, start-ups, indépendants, freelances en société (SASU, EURL) ou associations structurées, qui cherchent un outil unique pour gérer toute leur comptabilité avec ou sans expert-comptable.
🟢 Support client de Pennylane
Le support client de Pennylane est réputé pour sa réactivité, avec une assistance par chat en français, des ressources pédagogiques en ligne, et un accompagnement personnalisé à la prise en main.
Sage : une solution robuste et complète pour les entreprises établies
Sage est l’un des leaders historiques du logiciel de comptabilité en France. Il propose une large gamme de solutions, du logiciel de comptabilité pour TPE/PME à des ERP plus complexes.
Fonctionnalités, avantages et inconvénients
Ce logiciel de comptabilité permet de gérer :
l’ensemble des opérations comptables (journal, grand livre, bilan, comptes de résultat),
la TVA,
la gestion des immobilisations,
et même la paie et la facturation selon les versions.
Selon vos besoins spécifiques, le logiciel propose aussi des modules métiers très pratiques.
Avantages | Inconvénients |
Solution très complète et modulaire Adapté aux normes comptables françaises Accompagnement personnalisé avec réseau de partenaires Compatible avec de nombreux outils tiers | Interface vieillissante sur certaines versions Prise en main technique, peu intuitive pour les novices Coûts élevés à long terme, surtout en version On-Premise |
Pour qui ?
Cette solution de comptabilité convient principalement :
aux PME structurées ;
aux cabinets comptables ;
et aux entreprises avec des besoins métiers spécifiques ou multisites.
Le logiciel de comptabilité Sage est moins adapté aux indépendants et aux entrepreneurs débutants dans le traitement de leur comptabilité.
🟠 Support client :
Sage propose un support client structuré via téléphone, e-mail et portail en ligne, mais les délais peuvent varier selon les contrats de maintenance et les horaires d’ouverture.
EBP Comptabilité : un logiciel français fiable et personnalisable
Développé en France, EBP est un acteur reconnu pour ses logiciels de gestion destinés aux TPE, PME et artisans. Sa version « Comptabilité » se distingue par sa profondeur fonctionnelle.
Fonctionnalités, avantages et inconvénients
De nombreuses fonctionnalités sont proposées par EBP :
la saisie comptable,
les rapprochements bancaires,
les déclarations de TVA,
l’édition du bilan et du compte de résultat,
un module d’immobilisations,
une gestion analytique,
une liaison avec la paie ou la facturation.
Avantages | Inconvénients |
Solution complète et conforme au Plan Comptable Général Personnalisation poussée selon les secteurs d’activité Versions Cloud ou à installer localement Tarification claire et sans surprise | Interface technique, peu adaptée aux non-comptables Courbe d’apprentissage parfois longue Peu d’automatisation avancée (comparé à Pennylane ou Indy) |
Pour qui ?
EBP Comptabilité est conseillé aux TPE/PME ayant un service comptable interne ou travaillant avec un cabinet externe. Il convient aussi aux artisans ou commerçants expérimentés en comptabilité.
🟠 Support client :
EBP dispose d’un service client basé en France, accessible par téléphone ou formulaire, avec différentes formules d’assistance selon le niveau d’accompagnement souhaité.
Indy : le logiciel comptable automatisé pour les indépendants
Indy est un logiciel 100 % en ligne conçu spécialement pour les indépendants (professions libérales, freelances, micro-BNC…). Il se distingue par son interface minimaliste et ses automatisations puissantes.
Fonctionnalités, avantages et inconvénients
Parmi ses principales fonctionnalités :
connexion bancaire,
catégorisation automatique des dépenses/recettes,
génération de la liasse fiscale,
télédéclaration à l’Urssaf,
calcul de la TVA,
création de devis/factures…
Avantages | Inconvénients |
Ultra intuitif, pensé pour les non-comptables Automatisation poussée des tâches récurrentes Aide à la déclaration fiscale (2035, BNC, etc.) Support client réactif et communauté active | Destiné uniquement aux indépendants et freelances Peu de fonctionnalités de gestion commerciale ou de trésorerie avancée Incompatible avec certains statuts (pas adapté aux sociétés, par exemple) |
Pour qui ?
Ce logiciel de comptabilité est adapté aux professions libérales, micro-BNC, freelances en société unipersonnelle (SASU, EURL) qui cherchent un outil simple à prendre en main, efficace et 100 % en ligne.
🟢 Support client :
Indy mise sur un support client ultra-réactif, disponible par chat ou e-mail, avec une équipe en interne capable de répondre rapidement aux questions des indépendants.
Tableau comparatif des logiciel de comptabilité
Logiciel | Type de solution | Public cible | Automatisation | Collaboration avec l’expert comptable | Tarifs (HT) | Facturation intégrée |
Pennylane | SaaS tout-en-un | TPE, PME, indépendant, association | Forte | Oui | Dès 29 €/mois | Oui |
Sage | Logiciel + cloud | PME, grandes entreprises | Moyenne | Oui | Dès 29 €/mois | Oui (selon version) |
EBP | Logiciel + cloud | PME, TPE, associations | Moyenne | Oui | Dès 22 €/mois | Oui |
Indy | SaaS | Indépendants | Forte | Non | Dès 20 €/mois | Non (ou partiellement) |
Comment choisir son logiciel de comptabilité ?
Pour bien choisir votre logiciel de comptabilité, posez-vous les bonnes questions :
Quels sont mes besoins comptables réels ?
Un auto-entrepreneur n’a pas besoin d’un module de liasse fiscale ou d’immobilisations. Une PME soumise à la TVA aura besoin d’un suivi précis des déclarations. Une association a besoin d’une solution pour effectuer un plan comptable spécifique (Plan Comptable Associatif)...
Ai-je un expert-comptable ?
Si vous avez un expert comptable, privilégiez un logiciel simplifiant la collaboration avec ce dernier. Pennylane, par exemple, est apprécié pour ses possibilités de collaboration en temps réel avec votre expert-comptable, dans un environnement partagé, ce qui fluidifie les échanges, réduit les envois de documents, évite les doublons…
Ai-je besoin de facturation ? d’un suivi de trésorerie ? d’automatisation ?
Un bon logiciel doit vous faire gagner du temps.
Quel est mon budget ?
Pensez au coût total : abonnement mensuel ou annuel, modules additionnels, maintenance, accompagnement, frais de formation éventuels… Certains logiciels comme Indy ou Pennylane proposent un abonnement sans engagement et tout compris. D’autres, comme Sage ou EBP, fonctionnent avec des licences à l’achat, avec des modules à la carte.
Pour bien choisir votre logiciel de comptabilité, d’autres critères sont à prendre en compte selon vos besoins (réactivité du service client, évolutivité de la solution notamment en cas de changement du statut juridique de votre entreprise…).
Le meilleur logiciel comptable est celui qui correspond à vos besoins réels, et pas forcément celui qui propose le plus de fonctionnalités.
Quels logiciels de comptabilité choisir pour un auto-entrepreneur ?
Un auto-entrepreneur a besoin de simplicité, d’automatisation et d’un suivi facile de sa facturation. Parmi les meilleurs logiciels de comptabilité, nous recommandons :
Pennylane : pour ceux qui veulent centraliser leur comptabilité et leur facturation.
Indy : pour les professions libérales au régime réel simplifié.
Lire aussi : Quel logiciel de comptabilité gratuit pour un auto-entrepreneur ?
Quels sont les meilleurs logiciels comptables pour une PME ?
Une PME possède des obligations plus complexes en termes de TVA, d’immobilisations, de paie, de gestion multi-utilisateurs… Pour cette raison, les meilleurs logiciels de comptabilité pour les PME sont les suivants :
Pennylane : idéal pour centraliser tous les flux et automatiser certaines actions.
Sage : pour les structures complexes.
EBP : pour les entreprises souhaitant une solution française robuste.
Quels logiciels de comptabilité pour une TPE ?
Une TPE a besoin d’un logiciel pratique à prendre en main, simple, accessible, avec un bon rapport qualité/prix. Parmi les meilleurs logiciels de comptabilité, nous conseillons pour les TPE :
Pennylane : sans engagement, il est adapté aux petites structures.
EBP : sa version simplifiée convient aux TPE.
Quels logiciels de comptabilité pour une association ?
Les associations ont besoin de gérer les subventions, les cotisations et les dons. Elles doivent gérer un plan comptable spécifique (PCA) et assurer leur transparence vis-à-vis des membres et autorités. Pour cette raison, les meilleurs logiciels de comptabilité pour une association sont :
Pennylane : qui s’adapte très bien aux structures associatives.
EBP : avec sa version spécifique « Associations ».
Quel est le meilleur logiciel de comptabilité en ligne ?
Les logiciels comptables en ligne (ou SaaS) permettent une accessibilité totale, des mises à jour automatiques et une sécurité renforcée. Voici notre top 3 :
Pennylane : SaaS 100 % français, sécurisé, ergonomique.
QuickBooks : bon rapport fonctionnalités/prix.
Indy : pour indépendants uniquement.
Lire aussi : Tous les avantages de la comptabilité en ligne
Points-clés à retenir
Le meilleur logiciel de comptabilité dépend de votre profil : auto-entrepreneur, PME, TPE, association, grande société…
Pennylane est en 2025 une solution de référence parmi les meilleurs logiciels de comptabilité, tout-en-un, sans engagement, intuitive et puissante.
Pensez à tester plusieurs solutions grâce aux périodes d’essai.
Misez sur la simplicité, l’automatisation et la collaboration avec l’expert-comptable.
